617年九月，窦建德率军攻打相州，驻守相州的李神通不敌，率军退往黎阳，但窦建德乘胜追击，将李神通，魏征一起擒获，621年，李世民率军攻打王世充，此时窦建德又赶来支援王世充，621年五月，李世民击败窦建德，魏征恢复自由，再次入唐。
626年，李世民发动了玄武门事变，627年，李世民登上皇位，将魏征拜为尚书，此后，李世民曾多次向魏征提问治世意见，魏征则直言不讳，前后上书了两百多件事情，李世民则全部纳谏，629年，魏征又被任命为秘书监，开始上朝，并干预朝政。
在政治中，魏征一向以敢于直言而闻名，在一生中，曾给李世民的上书有十万多件，言语激切，态度坚定，在当时，是其他大臣难以比拟的，有一次，李世民问魏征，君主如何才能够明辨是非，魏征则回答，皇上需广泛的听取意见，眼观八方，不能偏信于某一个人。
