明军从王师变为日常驻军后，本身对明朝感激涕零的越南人民开始感到反感，毕竟这个从唐末五代以来独立了五百年的地方已经产生了部分国家意识，突然"回归"故国还是会感到丧失独立的感觉。于是，大大小小的地方骚乱开始风起云涌，幸好永乐年间明军的战斗力明显过硬，弹压地方叛乱基本不成问题。
另一方面，明朝也确实对安南治理进行了仔细的考量，包括提拔上层人士子弟进入中国学习，深化其政治人才的文化联系，并且拉拢当地豪强人士进入交趾布政使司的官府之中。然而，明政府这项"中国化"的政策却并不能顺利推行。
首先，明朝在安南的吏治接管相当失败。作为一个刚刚征服的领地，明朝更应该派遣具有强大政务能力的出色官员全盘接手。朱棣曾一度命名臣黄福以尚书衔兼任交趾承宣布政使司布政使，并兼提刑按察使司按察使，黄福在位期间"编氓籍，定赋税，兴学校，置官师。数召父老宣谕德意，戒属吏毋苛扰。一切镇之以静，上下帖然。"可惜的是，当时的明成祖后又派遣宦官马骐起来搅局，此人到交趾做"采办使"，既贪污而又残忍，无恶不作，更使得当地官员黎利于公元1418年掀起了著名的蓝山起义，从而让明朝在安南局势愈加崩坏。
另外，安南地区本应该有军政能力高超的重臣张辅来镇守。可当时恰逢北方蒙古入侵，朱棣不仅需要重臣辅佐，更不愿意张辅在安南"选拔土人壮勇"拥兵自重，于是屡次令张辅北上，导致安南地区明军缺乏主心骨。另外，永乐时的下西洋，征蒙古，和迁都北京都极大消耗了明朝的国力，明宣宗继位后的明朝财政状况不容乐观，黎利趁机做大，双方实力对比陷入"此消彼长"的困局，明朝深陷财政泥潭，也不得不被迫撤兵。
