郑成功错判形势，认为清军没有这么快到来，他没有继续扩大战果，而是选择了在原地休养。两天之后，清军援兵赶来，郑成功苦战，最终败退。因为情况紧急，郑成功直接带着大军沿江逃走，来不及接应在南京的张煌言。张煌言被清军四下包围，成了"瓮中之鳖"。
由于郑成功的失误，让张煌言创造的大好形势犹如昙花一现，很快消失。
张煌言得知郑成功撤军，非常生气，急忙整合舰队，打算沿江冲出包围，无奈清军已经合围，张煌言于是下令众人弃船登岸，分头撤退。在撤退过程中，张煌言的一万多部下大多数被杀或被捕，残余的一千多人也因为找不到张煌言而放弃了抗清事业选择隐居。接下来的几个月，张煌言没有了消息，很多人认为他可能被清军所杀。
实际上，张煌言登岸之后，被清军作为头号目标一路追杀，他每走一个地方，就分散一部分兵力逃走，直到后来，他乔装打扮，隐匿于乱山之间，忍饥挨饿，整日和鸟兽为伍，终于摆脱了清军，逃出生天。等他逃回浙江沿海，很多先他而到的部下喜极而泣，很多打算隐居的旧部听闻张煌言还活着，又重新走向战场。张煌言重拾旧部，继续着他的反清事业。然而，这时大好局势已经不再。
