不过，大明也是气数已尽，刚剿杀了商洛的叛变，一股起义军又在关中成了气候。孙传庭又被派去关中"剿匪"，起义军越弹压越多，灭了东边的，西边又出来了，搞得孙传庭一个脑袋两个大，偏偏大明朝廷也不安稳，崇祯帝时刻想着怎么用"驭臣之道"，对在外打仗的名将一边嘉赏，一边弹压，还请人去"监督"，左右掣肘，搞的名将都进退两难。
随着战事的进展，孙传庭的压力也越来越大，剿匪一刻也不能停，关外努尔哈赤已经渐成势力，直指京都。
孙传庭有全局意识，知道努尔哈赤想趁内乱杀入京都，于是加快了剿匪的力度，他率领本部军马亲自迎敌，还联络河南等地的明军，想形成合围。但没想到河南的起义军窜起，让孙传庭首尾不顾，十分狼狈。
孙传庭此刻成了大明的"修补匠"，拆了东墙补西墙，搞得元气大伤。这时北方的女真人跃跃欲试，想要趁乱夺取京都。在这样艰难的局势下，孙传庭还是收拾了关中、河南的起义军，给大明立了大功。
