杨秀清参加拜上帝教时只是一个普通教员，并没有什么特备之处，他的表现也不显眼。但是当拜上帝教的首脑不在，教会受到外界压迫之后，杨秀清才真正站到了人前。他装作上帝代言人的身份，颁布旨意，稳定军心，此后才被冯云山承认了其地位。
与冯云山共同管理教会之后，杨秀清的才干开始发挥，筹备行政组织，颁布行政法度，组建严格的军队，创造军事规章，整然有序。《太平军目》记载："'军'是基本单位，设军帅一人，军帅以下设前、后、左、右、中五个师帅，师帅以下设前、后、左、右、中五个旅帅，旅帅以下设壹、贰、叁、肆、伍五个卒长，卒长以下设东、西、南、北四个两司马，两司马以下设刚强、勇敢、雄猛、果毅、威武五个伍长，伍长以下为冲锋、破敌、制胜、奏捷四个圣兵。？"通过严格的制度，将一批军纪不明的农民军，培养成了一支令行禁止的强军。
杨秀清治国建军之才，直到太平天国后期，还受到各军政人士的慨叹。《李秀成自述》："东王佐政事，事事严整，立法安民，民心佩服。"《贼情汇纂》："智虑精祥，防维周密。""识字无多，奸谲异常。"《武昌纪事》中评论："有事传令，以次而下，奉行甚速。贼所倚赖者，秀清一人而已。""外似端绪纷乱，内实总揽大纲，一无所紊。"一个大字不识的人，为什么能治国建军，在实在找不到原因的情况下，只能用天赋异禀来解释了。
杨秀清对于太平天国极为重要，他在的时候带领太平军取得了诸多胜利，甚至在正面对抗清朝蒙古雄师的情况也能战胜。但是在他去世之后不久，太平天国却最终被清军镇压，很快覆亡。基于此，许多人作了这么一个假设"如果杨秀清还活着，太平天国能推翻清王朝的统治吗？"
