洪武四年，常遇春的女儿被册封为太子妃，常遇春成了太子的岳父，蓝玉以常遇春妻弟的身份成了太子的舅舅。接着蓝玉的女儿则被册封为蜀王妃（蜀王是朱元璋十一子朱椿），这就跟朱元璋成了儿女亲家。因为这些关系，朱元璋投鼠忌器，暂时也没法对蓝玉下手。
蓝玉的灭亡其中还有另外一层纠葛。当年蓝玉北征归来，发觉分封在北平的燕王朱棣表现异常，对太子朱标说：据臣看来，燕王在他的封国有"不臣之心"；我又听看相先生说，燕王有天子气象，希望殿下审慎对待。太子听了毫不在意，可是燕王知道了以后，却是怀恨在心。毕竟，不管是谁听了这种对自己不利的话肯定是不高兴的。洪武二十五年，太子朱标英年早近。太子一死，朱元璋已无所顾忌，决意对蓝玉下手。一向与太子以及蓝玉有矛盾的燕王朱棣，要父亲继续清洗异己分子，说：在朝诸公侯，恣意妄为，将来恐怕尾大不掉，含沙射影地指向蓝玉。
一张陷人于法的罗网悄悄地向蓝玉袭来。他自己也隐约有所预感，多次向皇帝请示报告，皇帝都不接见，怏怏地对亲信说：皇上这是怀疑我了。
洪武二十六年二月八日早朝时，锦衣卫指挥蒋某突然控告蓝玉"谋反"，说他勾结景川侯曹震等公侯，企图趁皇帝到郊外举行"耕田"仪式时，发动兵变。蓝玉当场被拘押，突击审讯。官方公布的"狱词"是这样的："（蓝）玉同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣，以及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等，谋为变，将俟上（指皇帝）出耕田举事。
