三、 独断专行与下属闹僵。
袁崇焕最独断专行的一面就体现在擅杀毛文龙一事，关于毛文龙该不该杀，由于争议较大，这里就不赘述了。
毛文龙身为东江镇最高军政长官，身兼左都督平辽总兵官，为一品武官，即使毛文龙再桀骜不驯、虚报兵力冒领军饷，身为督师的袁崇焕也不该不请示朝廷擅杀朝廷一镇总兵。
擅杀毛文龙的事传到朝廷之后，崇祯大为惊愕，却也无可奈何，为了安抚袁崇焕也只好默认了此事，但这件事却也引起崇祯的暗中不满，为日后袁崇焕被杀埋下了伏笔。
其实，袁崇焕独断专行的一面很早之前就有体现。早在袁崇焕担任宁前道监军的时候，在执法的时候就很严厉，有一次袁崇焕在核实军队人数时发现有虚报的情况，立即引用军法处死了一个校官，这件事引起孙承宗的强烈不满，怒道："监军就有权擅杀吗？"这件事明显可以看出袁崇焕自负、性格不够圆滑的一面。
