此后便发生了东林党和阉党之间的大战，然而东林党实在敌不过魏忠贤等人，大多都落得了家破人亡的下场。直到崇祯皇帝重新把持朝政，东林党人才又开始受到重用，在魏忠贤临终前他曾经劝诫崇祯皇帝千万不要重用东林党，然而崇祯认为魏忠贤是想反咬一口于是并没有听从他的劝告，谁想到十几年后果然因为东林党亡国了。
虽说崇祯皇帝兢兢业业力挽狂澜，但是在边境方面他确实不如魏忠贤，主要还是因为魏忠贤做对了两件事情。第一就是严加防范边境的少数民族，于是他派吴三桂去镇守山海关，并重用袁崇焕等人，为的就是防止外族入侵对自己的权力造成影响。至于第二件事就是他主张对东南沿海等富庶地区增加税收，从而可以更好的支持军事。
本身这一切都没毛病，但是在东林党上台之后，他们不光将魏忠贤制定的所有政策全部推翻，还过分节省军费甚至把袁崇焕等人也卷进了党争之中，导致后金在袁崇焕死后势力迅速壮大。同时东林党人取消了对于东南沿海地区的重税，全国各地都收取同等的税收，导致不少地区的老百姓都被沉重的税收压得喘不过气来。内忧外患之下，明朝灭亡也是情理之中的事。
