在明清两朝交替的那个年代，华夏大地上其实有三位皇帝，这还没算李自成和张献忠等农民起义军皇帝，三位皇帝分别是大明崇祯皇帝、大清顺治皇帝、大蒙古国林丹汗。明清两朝交兵之际，清廷集结东部蒙古部落进攻坐镇察哈尔部的林丹汗，林丹汗无力抵抗，败走青海，未久病逝于大草滩，蒙古王庭彻底覆灭。当年朱元璋起兵反元时，并没有彻底剿灭元朝，只是逐其于漠北，蒙古王庭依旧打着元朝旗号行事，后世称之为北元，大明王朝数次北伐却灭不了的蒙古王庭，现在被满清一锅端了，黄金家族的历史也随之成为了绝响。在之后康雍乾三世剿灭蒙古准噶尔部的战斗中，与清廷交好的那几个蒙古部落亦出力不少，那次战争执行的是种族灭绝政策，其状甚惨。此后，蒙古再无反清之人。有了此等前科，再加上清廷对漠北蒙古残酷的限丁政策，漠北蒙古部落的心理阴影面积可谓是极其巨大，不仅对清廷有意见，对投靠清廷的漠南蒙古同胞意见更大，所以我国的蒙古族在蒙古国被极端势力当做"蒙奸"也就不足为奇了。
因此，现在蒙古国提起清朝想到的便是残酷镇压，毫无感念之情。一旦沙俄挑唆，立刻脱离清廷。之后虽然北洋政府的徐树铮带兵镇反了一次，但等到苏联得势后，立刻又倒向了苏联。此后由于国际形势风云巨变，中国政权亦反复更迭，蒙古国成了大国相争的筹码，原本属于我国的国土内部争端却演变成了国际争端，如诺门罕事件。抗战后，迫于国际压力，中国从法理上正式放弃了对蒙古国的主权追索。
在国共内战时期，还发生北塔山事件及贝尔湖事件。北塔山是中蒙两国界山，北邻阿尔泰山，东南与哈浦提克山相接，西、南连准噶尔盆地。一九四七年五月，受当时国际形势的影响，蒙古国军队多次动用苏制战斗机对北塔山中国军队阵地进行扫射和轰炸，并在炮火掩护下向阵地猛烈进攻，经过多次激战，蒙军损失惨重，后多次调集重兵侵犯，当地100余名牧民亲临阵地和驻防部队共同抵抗，并进行了大小战斗共二十余次，彻底击败了来犯入侵者。1947年4月31日，蒙古海军在贝尔湖附近与中国渔民产生冲突，进而与贝尔湖中国驻军交火，爆发了震惊中外的中蒙大海战，在内陆地区爆发海战，这可能是绝无仅有的一次。
新中国成立后，蒙古国成为了苏联的卫星国，而中苏关系波诡云谲，中蒙关系也因此蒙上了一层阴影。双方剑拔弩张的情况并不少见，当时中蒙边境没有如今那么多的铁丝网，人员及牲畜越境事件时有发生，擦枪走火在所难免。
六七十年的时候，我们正处于特殊历史时期，当时蒙古驻华大使的司机将我们伟大领袖的海报放置在了大使专车的脚垫上，在大使及夫人赴北京东华门大街的友谊商店购物时被热血群众发现，群众合力将汽车掀翻，并点火焚烧，消防车开来时，这辆嘎斯海鸥牌高级轿车已经被完全烧毁，只余外壳。后来，风波平息，大使司机在离境前，在二连浩特站又被站在高凳子上接受了一次批斗。由于建国后的历史更是自媒体的雷区，在此按下不表。直到苏联解体之后，中蒙关系渐渐回暖，这才有了后来广泛的经贸合作。
