第二，在运输过程中石斑鱼鱼体易于受伤，引起鱼体霉烂，死亡率升高，有些不法运输商在活运水体中违法使用孔雀石绿和结晶紫以增加成活率，使得石斑鱼中孔雀石绿显着超标。
孙力军表示，事实上，两岸甚至国际对于孔雀石、结晶紫和土霉素的使用皆有严格规定。2002年5月，大陆农业部就将孔雀石绿列入《食品动物禁用的兽药及其他化合物清单》中，在农业行业标准《NY5071- 2002无公害食品鱼药使用准则》中也将孔雀石绿列为禁用药物。另外，大陆农业部公告第235号《动物性食品中兽药最高残留限量》明确规定，四环素类药物(土霉素、金霉素、四环素)在所有食品动物中最大残留限量为：肌肉100μg/kg、肝300μg/kg、肾600μg/kg。2022年4月正式实施的GB 31650-2019《食品安全国家标准食品中兽药最大残留限量》规定水产品中土霉素限量标准不得大于200μg/kg。
孙力军也指出，据台湾主管部门公告《动物用药残留标准》，鱼类不得检出孔雀石绿及还原型孔雀绿;如养殖业者违法使用化学品以致残留，"移请农政单位加强生产端源头管理幷依法处办"。国际对于孔雀石、结晶紫和土霉素的使用亦有相关规定。孔雀石、结晶紫在养殖业中的使用未得到美国食品与药物管理局(FDA)的认可;根据欧盟法案2002/675/EC的规定，动物源性食品中孔雀石绿和无色孔雀石绿残留总量限制为2μg/kg;日本的肯定列表也明确规定在进口水产品中不得检出孔雀石绿残留。
孙力军认为，为防止在水产养殖中出现禁用药物，保障消费者的权益和健康，监管部门需要加强宣传，告知养殖户和运输商孔雀石绿和结晶紫是水产动物违禁药物，增强养殖户和运输商的守法意识。另外，监管部门应加强监管力度，做好抽检监督执法工作，增强违法打击力度。
