中平六年（189年），汉灵帝在病重时将刘协托给蹇硕。汉灵帝去世后，蹇硕想先杀何进再立刘协为天子，但没有成功。汉少帝刘辩继承帝位后，蹇硕与中常侍赵忠、郭胜等写信欲合谋除去何进兄弟，结果提前走漏了消息，何进于是便派黄门将之诛杀，其部下士兵亦被何进所领。当然，对于东汉朝廷来说，这场内乱并没有因此结束。在大将军何进和宦官的较量中，双方两败俱伤，董卓趁机控制了东汉朝廷，废掉了汉少帝刘辩，改立刘协为皇帝，这就是汉献帝。在此背景下，西园八校尉自然不复存在了。因此，对于淳于琼这位将领，选择跟随袁绍南征北战。
初平元年（190年）正月，关东州郡起兵讨董，推举袁绍为盟主。袁绍自号车骑将军，与河内太守王匡屯河内，韩馥留邺，供给军粮。豫州刺史孔伷屯颍川，兖州刺史刘岱、陈留太守张邈、广陵太守张超、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信与曹操屯酸枣，后将军袁术屯鲁阳，各有军队数万。对于淳于琼来说，跟随袁绍讨伐董卓。不过，在董卓迁都长安之后，这场行动自然无疾而终了。
二
兴平二年（195年）冬天，汉献帝在曹阳被李傕等人追赶，沮授劝说袁绍："将军世代担任朝廷宰相，历代以忠义辅助国家。现在天子四处流离，宗庙被破坏，但观察各州郡，虽然外表打着义兵的招牌，内心实际打对方的主意，就没有忧虑关注天下，为百姓着想的意思。而且冀州城大体平定，军队强大，士人归附，去迎接皇帝，将邺县作为皇宫，挟制天子而号令诸侯，畜养兵马来讨伐不向王庭朝拜的人，有谁能够抵御呢？"因此，非常明显的是，在曹操迎奉汉献帝刘协之前，袁绍本来有机会提前挟持汉献帝的。
