努尔哈赤是受到了汉文化影响，认为黄色最为尊贵，自己作为建州女真的首领，所辖军队的旗帜应该是黄色。舒尔哈齐则认为，黑色的旗帜在夜晚实在很难看清，他将其改为了蓝色。这样，正黄旗和正蓝旗也就由此诞生了。
接下来，努尔哈赤完成建州女真部落的统一后，又不断攻击其它女真部落。万历二十九年，海西女真中的哈达部被征服。这个部落曾经长期是女真族的霸主，臣服于努尔哈赤后给建州女真带来了实力上的飞速增长。努尔哈赤将哈达部的俘虏变成了一支军队，并以白色旗帜为号，这也就是正白旗的来源。当时的正白旗是由努尔哈赤的大儿子褚英和哈达部的首领吴尔古代共同管理。
万历三十七年，建州女真的两大首领努尔哈赤和舒尔哈齐正式决裂。舒尔哈齐完全不是努尔哈赤的对手，两个儿子、心腹党羽被处死，自己还被幽禁。他所掌握的正蓝旗当然也被交了出来，努尔哈赤趁机对正蓝旗一分为二，其中一部分交给舒尔哈齐的次子阿敏，仍为正蓝旗，另外一部分则成为了正红旗。
