在这种时候，徐辉祖站了出来，说道："燕王手握重兵，不得不有所防备，在微臣看来，我的这三个外甥当中，朱高煦最为勇猛，而且他心术不正，如果不把他除掉，日后肯定会成为很大的威胁。"建文帝听完了之后，便想要对朱高煦下手，不过后来被黄子澄阻止了，因为害怕惹来朱棣的报复。
然而，虽然朱允炆没有解决掉朱高煦，这一天依旧很快便到来了，燕王朱棣便发动了靖难之役。在这场战争中，朱高煦表现得十分英勇，让朱允炆很是后悔，曾经多次多大臣们说道："吾悔不用辉祖之言！"
在朱棣和朱允炆的战争之中，徐辉祖站在了朱允炆的阵营，并帮助他多次打败了朱棣，令朱棣很是恼火。因此，当朱棣攻破南京之时，便将徐辉祖叫了过来，因为他们之间有着亲戚关系，因此朱棣也曾想过要放他一马，于是表示，只要他愿意归顺，便既往不咎，甚至有享不尽的荣华富贵。但是徐辉祖却断然拒绝了，甚至还怒视朱棣，因此被打入大牢。
