当时的燕王、朱元璋的四儿子朱棣一看，再不反有可能侄子就要把自己弄死了，反正都是死，干脆反吧。于是他打着清君侧的名目发动了"靖难之役"，这一仗打了四年，朱允炆被他赶跑了（也有人说是当和尚去了）。朱允炆失踪的时候随身带着传国玉玺。朱棣得了帝位后只得让工匠们重新刻了代表皇家权力的王玺，并且重建了被朱允炆逃跑时放火烧掉的奉天殿，封了他的王妃徐氏当皇后。随后他整顿朝政，派出了大军到明朝的边境去驻扎以便震慑周边的小国。郑和也被派到西洋各国去访问，加强明朝与其他国家的来往。而且朱棣为了加强商品与人才在国内的流通，还重新疏通京杭大运河。可以说他这个皇帝虽然得来的名不正言不顺，但其实还是很称职的，朱棣在位的四十几年内，明朝的经济得到了飞速的发展，百姓们的生活也得以安生了一段时间。
但其实朱棣刚当上皇帝的时候，他就发现了在南京的各大氏族和重臣们对自己并不忠诚，所以朱棣也是狠杀了一批朱允炆手下的大臣们，并且还重新培养了一批接班人，但是接班人的培养是需要时间的，而且他也不放心自己在南京的安全问题，毕竟这是朱允炆的地盘，就算人家生死不明，但保不准还留有暗势力会对他不利，这个因素算是其一。
其二，我们再来看，朱棣当燕王的时候他的封地就在北平，并且当时他曾多次奉父亲朱元璋的命令，从北平出发参加了很多战事，北平算是他的根据地了。在此后他发动对侄儿的战争中，北平的官员和人民对他的支持和忠诚度，他也是认可的。回到自己熟悉的地方不但安全得到了保障，而且更有利于他培养亲信，慢慢的收复民心。
