1455年，也先被暗杀，瓦剌变成杜尔伯特部和准噶尔两部。
1470年，成吉思汗第十五世孙巴图孟克（达延汗）成为大汗，之后的一百年间汗位一直被达延汗后代所拥有。
1604年，林丹汗继承汗位。1634年，林丹汗病死。1635年，林丹汗的妻子和儿子归降后金，整个漠南蒙古纳入后金版图，蒙古帝国就此灭亡。
北元之后到蒙古帝国灭亡的这一段历史比较复杂，尤其是蒙古各部对汗位的争夺，很是混乱，再加上各种史料中的不同记载，给大家的感觉是很难理顺关系。
在北元之后，瓦剌与鞑靼是一个相互争蒙古夺汗位的过程，也是蒙古本部及东蒙古与西蒙古间此消彼长的过程。瓦剌和鞑靼是明朝人对蒙古各部的称呼。
