乾隆22年起，大清将军城衮扎布、兆惠领兵7000，开始剿灭准噶尔诸部。没有敌方军事力量的阻碍，这支军队如打猎般，剿灭牧民和农民数万。在灭绝平民的行动中，男丁一律处死，女人和孩子分给官兵为奴，很多人在运回内地途中饿死病死。为了从容灭绝准噶尔的人口，清军颇费了一些心思。在地广人稀之处，如果遇到蒙古人，当即就可杀掉;如果大批牧民来降，不要立刻剿杀，而是分批运往内地，再全部处死。直到乾隆23年以后，西蒙古诸部余众逃到山谷丛林之中，还是没有逃脱屠杀，准噶尔汗国四部，除了杜尔伯特部投降的早，且一直没有反叛，其余三部几乎全被杀掉。这次大屠杀的死亡总数字在估计百万以上。
多年以后，龚自珍途径准噶尔旧部，仍能看见"(广阔区域)無一廬一帳，皆战争所灭"。这一残酷的种族灭绝政策，给蒙古人带来深重灾难，却让中央政府牢牢把握住新疆这片广大的区域。为了填补空白的土地，从乾隆中期起，各地迁移人口到新疆，包括吉尔吉斯人，哈萨克人，柯尔克蒙古人甚至东北部的高丽人，从此新疆再无一支占优势的少数民族力量。
因此纵清一代，新疆再无强有力的反抗行为，即使同治年间左宗棠平定新疆时，也不过是沙俄支持下的多股不同反抗势力，因为多民族之间并不融洽，比较轻易的就被中央政府各个击破了。如果准噶尔蒙古没有被灭族，在清后期衰落之际，新疆肯定会再次反叛，重建准噶尔帝国，而衰落的中央王朝能不能掌控这块土地是个大大的未知数。而且对整个中华民族来说，这也是中国控制西域的最完美结局。从西汉开始，西域就是中央王朝的努力目标，但即便汉、唐、明三个大一统朝代，其中央政权也很难在西域立足，建立的都护府都没有超过百年。直到乾隆灭绝了这片草原上最强悍的民族，才真正建立了稳定有力的统治。民国和新中国成立后，中央政府对新疆的掌握也非常牢固。这近200多万平方公里的土地，能够维持200多年的稳定控制，应该说很大部分归功于乾隆时期对准噶尔蒙古的种族灭绝。
种族灭绝，是清(包括汉族)对一个民族的人类犯罪，但从现在的汉族统治角度来看，却是万年的功勋。
