第三阶段为明武宗朱厚照时期，这一时期王爷们虽然权利很小但也并非都乐意做安分守己的"笼中鸟"，有两位仗着自己的王爷身份野心爆棚挑战中央，一位是安化王朱寘鐇，另一位是宁王朱宸濠。前面已经提到了从明太祖开始就会派一些锦衣卫或者太监监视王爷的一举一动，由于明武宗比较贪玩导致太监权力过大并开始胡作非为，最终引起了安化王朱寘鐇的强烈不满。朱寘鐇于正德五年（公元1511年）起兵叛乱，由于力量过小这场叛乱仅持续35天就被平息。
朱宸濠是宁王朱权的后代，他一想起明成祖在起兵之时曾给太太太爷爷朱权许诺说事成之后平分天下可最终却食言就觉得愤怒，因此一直想要拿回属于自己的皇位。不过朱宸濠没有像朱寘鐇那样莽撞，而是通过贿赂一些官员恢复了宁王的护卫和收入来源，通过十余年的苦心积攒最终于正德十四年（公元1519年）聚集10万人马起兵叛乱，但由于战略失误加上不得人心在王阳明的打击下这次叛乱也只进行了43天就失败了。
明朝皇帝列表
第四阶段为明武宗朱厚照到明思宗朱由检时期，这一时期王爷们没有再爆发叛乱，但明朝也在走向衰亡。到明朝末年很多王爷已经无法拿到自己的俸禄，自谋生路又怕引起皇帝猜忌招来杀身之祸，所以明朝末年王爷们处境非常艰难。在明末农民起义大潮中官军精力有限无暇顾及封地上的王府，不少王爷虽然也竭力组织力量进行反抗但基本上结局都是被农民军抓住并遭杀害。
通过对明朝不同时期王爷们实权变化进行分析我们可以发现一味限制王权也并非是明智举措。明朝前期为防内乱逐步限制王爷们的实权，虽然在一定程度上为稳住大局起到了积极作用，但也导致明朝末年面对农民起义军和后金军时只能依靠异姓将领带兵打仗。可是皇帝对于皇族的王爷们都不会完全信任，又怎么会信任那些手握兵权的异姓将领？
而且经过两百多年的繁衍明朝皇族到末期已拥有至少30万人，在那个生产力相当落后的年代朝廷要养着30万只顾享受不用做事的人也加剧了明朝的内部矛盾，从而进一步加速了明朝的灭亡。
