此事完结后，慈禧太后颇为高兴。她亲自召见王士珍并予以奖赏，王士珍由此名扬天下。就当时的情况来说，王士珍的名望是远在段祺瑞、冯国璋之上的。
1908年，光绪、慈禧相继去世。小皇帝溥仪登上皇位，醇亲王载沣开始摄政。载沣掌权后，即令袁世凯交出大权，回家养病。
而一路被袁世凯提拔起来的王士珍，也开始主动向朝廷请辞。王士珍此举共有两个目的，一来是报答袁世凯的知遇之恩，二来则是主动避嫌。一直到1910年，王士珍的辞呈才终于被批准。
辛亥革命后，王士珍为清皇室优待条件竭力争取，并表示效忠于清朝，不再担任新朝的官员。
