两汉时期，御史中丞是中央监察机构的长官，刺史是受御史中丞领导的地方监察官；丞相司直代表丞相执行行政监察；司隶校尉代表皇帝、作为皇帝特设的监察官。三种监察系统各自成体系，在行使监察权中，相互监督，相互制衡，司隶校尉可以监督御史大夫、御史中丞和丞相、丞相司直，而御史大夫、御史中丞和丞相、丞相司直也可以监督司隶校尉。
到东汉时期，司隶校尉的组织机构进一步扩大，地位进一步提高，朝会时司隶校尉与御史中丞、尚书令并专席而坐，号称"三独坐"， 其监察对象扩大到外戚和宦官。在东汉后期，司隶校尉成为皇权与外戚、宦官之间斗争的重要力量。如：汉桓帝联合宦官剪灭专权乱政的外戚大将军梁冀时，派司隶校尉张彪率兵围困梁冀宅邸，诛杀梁冀。东汉末年，外戚何进曾以皇帝名义任命袁绍任司隶校尉，诛杀宦官。
西晋时期，司隶校尉的职权与两汉时期基本相同，至东晋被废。
司隶校尉的权力较大，但按规定其选拔任用权控制在皇帝手中，不受其他公卿大臣干预，只有得到皇帝赏识和信任，才会被皇帝选中，以确保司隶校尉完全按皇帝意图行事，成为皇权的忠实维护者。两汉时期，对司隶校尉的惩罚也极为严厉，稍有渎职或违反皇帝意图，动辄被杀或遭免职。
司隶校尉由一个临时设立的"治安官"，转变为"无所不纠"的特殊监察官，其职权的演变，伴随着加强皇权的过程，是中央集权和君主专制的产物。皇帝利用司隶校尉职权的扩大来加强对皇亲国戚、京师百官的监督，同时也利用御史中丞、丞相司直等来限制其权力，三大监察系统虽然构成相互监督、相互制约关系，但司隶校尉的职权过大，且与其他监察部门严重重叠、交叉，在政治斗争中，当皇权衰弱时，司隶校尉往往沦为封建王朝政治势力打击异己的工具，使其监察职能得不到有效发挥。（蒋伟）
