方国珍第三次忽悠朱元璋在至正二十七年（1367年），此时朱元璋已经攻下杭州，要求方国珍归附自己，方国珍却一直虚与委蛇，并且还派出间谍侦查朱元璋的兵力情况，然后告诉元政府和陈友定，希望3个势力能够压住朱元璋。朱元璋知道以后破口大骂，又让人给他送信，里面列出他的十二条罪状，并且让他进献二十万石粮食。方国珍一边答应一边却收拾金银细软，准备跑路。
方国珍的行为让朱元璋勃然大怒，在攻克苏州以后，直接派大将朱亮祖、汤和去攻击方国珍。方国珍完全不是朱亮祖、汤和的对手，一路丢城失地，最后只能逃亡进大海。汤和的部队穷追不舍，不久以后方国珍的部下都投降了，方国珍也只好投降，投降之前给朱元璋写了一封情词恳切的求饶信。没想到朱元璋看过信以后，怒气竟然消了，命人把他带到当时首都南京。据明史记载，朱元璋见他他的第一句就是"若来得毋晚乎？"，意思是"你来的是不是太晚了"，把方国珍吓得跪地谢罪，不停求饶。
后来朱元璋也没有杀他，让他迁居南京，解散部下，为了安抚他，还封了他一个闲职，让他安享晚年。后来方国珍一直居住在南京，直到洪武七年（1374年）才病世，去世以后朱元璋还让大学士宋濂写了一篇《神道碑铭》来祭奠他。他的三个儿子，朱元璋也没有难为他们，让他们在大明做官，也安稳地度过了一生。
方国珍在群雄争霸时到处骑墙，三心二意，最后却在恐怖的洪武年间善终，这不得不说是一个奇迹。历史上关于朱元璋不杀方国珍的原因有很多的猜测，最大的原因可能是他没有太大的志向，这反而是他能存活的最大依仗。据明史记载，曾经有人劝方国珍率兵向江东发展，夺取青、徐、辽等地，不过方国珍直接说"吾始志不及此"，从始到终他一直守着浙东地区，没有向外扩张。朱元璋觉得他没有能力威胁到皇位，所以没有必要杀他。
