除了英勇善战之外，薛仁贵还救过李治的性命，这也为他们二人深厚的君臣情谊打下了基础。在李治登位后第五年，有一天夜里，长安突降暴雨，因为雨势过猛还引发了山洪，大水已经淹到了玄武门前。守门的士兵为了保命已经四散奔逃了，薛仁贵不仅没有逃跑，还冒着生命危险守在玄武门前大声呼喊，这才引起了内宫侍卫们的注意，及时将已经休息的李治护送出宫。当李治再次安顿下来召见薛仁贵的时候，洪水已经将李治的寝宫淹没了，可以说如果没有薛仁贵，唐高宗早就英年早逝了。
薛仁贵一生战功赫赫，唯一被人诟病的就是在天山坑杀了已经投降的铁勒族大军13万余人。所谓杀降不祥，不管哪朝那代，降兵不杀是默认的规矩，薛仁贵为什么要冒天下之大不韪活活坑杀了13万人呢？
这里有三个主要原因，一个是薛仁贵认为铁勒军不是真心投降，只是在唐军到来之后一时没有应对之法，投降是缓兵之计，军心不稳即使投降以后也会兵变；一个是唐军千里迢迢来到天山征伐铁勒军，兵士在行军过程中已经很有怨气，如果因为敌军投降就放过整军的话，唐军士兵自身也会有想法，影响军队士气；最后的一个原因则是铁勒军人数众多，十几万规模的俘虏如果圈养起来是一笔庞大的开销，唐军负担不起这笔费用，但是如果不关起来又是一个很大安全隐患，也不可能留下军队专门看管他们。
