五年后,元丰四年(1081),杨时出任徐州司法。后来因敬佩程氏二兄弟,于是专门投于程颢门下,专心研习理学,与程门立雪中的提到的游酢和伊熔、谢良佐成为程门四大弟子。程颢十分喜爱这个学生,称赞道:"杨时学起来最为轻松,一点就通。"当程颢的弟弟程颐从涪陵讲学归来,听程颢提起杨时的故事,也表示赞叹:"现在就如此自信,以后谁能够超过他呢?"元丰年间,受社会环境的影响,很学者研究佛学,但杨时却钟情于理学,所以程颢还有感而发:"现在做学问的人都泛泛空谈佛道,只有杨时和谢显道有长进!"
待到杨时学成离去之时,程颢内心既有不舍,也有激动,目送自己的学生远去,他就有感自己的学说将在南方开拓出一片新天地。但是恩师程颢却没能亲眼见到那一天,元丰八年(1085)程颢去世。杨时听说老师程颢去世消息后悲痛万分,可他在任上不能随意出行,于是便在寝门设灵大哭,并作哀辞。这时的杨时,思想刚刚转入道学,恩师突然溘然长逝,实在是一个巨大的打击。