杀总兵毛文龙，挑战了崇祯的权力。
毛文龙该不该杀，这是另说。袁崇焕先斩后奏，则犯了大忌。这事报到朝廷，崇祯先是大大吃了一惊，可能第一念头就要拿袁崇焕是问。不过，他毕竟少年老成，想着辽东正倚重袁抵御，于是仍在圣旨中对袁杀毛文龙表示了支持。然而，袁日后招祸的种子已经埋下。
跟后金谋议和之事，挑战了崇祯的面子。
袁崇焕在给皇帝的上疏中明确了他"五年复辽"的计划，其中即提到"和为旁着"，意思是把议和作为一个套路，目的是实施缓兵之计，争取时间巩固边防。崇祯对这个计划整体作了同意的批复。但最后加诸其身的罪名，有一条恰恰与议和有关，叫"以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战"。
"谋款"即议和之事，"斩帅"指杀毛文龙一事。可以看出，它们的逻辑关系是这样的：袁崇焕为了推进议和，不惜帮助满人斩杀了毛文龙，从而解除了后金的后顾之忧。然后，为了议和，不惜放纵清军长驱直入，打到帝都门口。
