刘巴辗转来到益州，益州牧刘璋见到他大喜过望，任何大事都向他请教。公元211年，刘璋听信张松、法正等人的话，引荆州的刘备到四川，讨伐张鲁。刘巴劝阻刘璋说："刘备是人杰，不可久为人下，他入蜀，一定会成为国家大害，不能让他进入四川。"刘璋不听，刘备入川后，刘璋还替他补充兵员，接济粮饷。刘巴再次劝说道："迎刘备入川已经错了一步，再让他讨张鲁，等于是放虎归山。"但刘璋依旧不以为然。等到刘备兵临城下，刘璋后悔莫及，只好出城投降。只有刘巴、黄权两人闭门不出。刘备的将士愤怒不已，要去杀这两人。但诸葛亮十分欣赏刘巴的才华，多次向刘备举荐，并语重心长地说:"运筹策于帷幄之中，吾不如子初远矣!"刘备才连忙下令："敢杀刘巴者，我诛他三族。"刘巴这才向刘备赔礼，表示归附。刘备也对他予以任用，任命他为左将军。
得罪张飞激怒刘备
此时的刘巴对刘备还是流露出了一点感激之情。刘备初定成都时，因军用不足而发愁。刘巴建议他铸造面值百文的铜钱流通于市;派官员管理市场，平抑物价。刘备采纳了他的建议，"数月之间，府库充实"。早在那个时候，刘巴就懂得用货币的供需量来调节经济增长，用政府手段来干预市场、平抑物价，比英国的经济学家凯恩斯的货币理论整整早了1700年。刘巴因此遇到了人生难得的转机，但就在境况稍有改善时，他的毛病又犯了。
张飞喜欢和士大夫交朋友，他十分敬仰刘巴的名声。一次，张飞特地从老远骑马来拜访刘巴，并在刘巴处投宿。刘巴却从骨子里看不起张飞，以致整个晚上不跟张飞说一句话。弄得张飞异常尴尬，并由尴尬而生怨恨。诸葛亮听说这件事，赶紧劝刘巴不要过于清高："张飞是个武人，敬慕您。您虽然禀赋高明，但还是应有一些谦恭之意才好。"而刘巴却说："大丈夫处世，当交四海英雄，我和一个兵痞子有什么话好说!"
