在汉武帝晚年时期，巫蛊之术横行，而汉武帝因为受到了江充等人的挑拨便开始大力进行整治。
卫子夫皇后、卫亢（卫青长子）、公孙贺丞相，还有阳石，诸邑，两位公主，还有等等好多的权贵和朝廷的众臣死于巫蛊之祸。死亡的人员全部算上，高达数十万人，而就是在这样一个恐怖的时期，汉武帝又专门成立了这样一个职位，彻查巫蛊。为了能够将各路权贵震住更是调配数千名重兵。
因为"司隶校尉"的权利实在过于重大，便在西汉的后期渐渐的对其进行削权，不但它的兵权被夺掉，更是不断的打压其权威。不过到了东汉时期，该职权又被得以重用，并且不断的扩大。
朝会的时候，尚书令、御史中丞和司隶校尉全部独坐，拥有专席，"司隶校尉"则专门用来检查中央级别的高关和京师官员。也因为其权利过大经常的被百官弹劾。
那个时候，朝廷的宦官与外戚争权的现象特别的严重，所以司隶校尉才能发挥如此大的作用，不少有权势的外戚和宦官都是死于它之手，比如非常有名的外戚梁翼（此人曾将汉冲帝毒死），还有大宦官王甫父子……汉武帝去世以后，袁绍任司隶校尉，只用了不到一个月的时间边将数千名宦官及其党羽杀死，可见其实力巨大。
也因为其权利巨大，所以很多的朝廷权臣会兼任此职，蜀汉时期，刘备称帝便将此大权交给了兄弟张飞，直到张飞死后，便由诸葛亮亲自担任，实现了大权独揽。
文献出处：《三国志》
