碰了一鼻子灰的海都自然不甘心于失败。在经过一系列的整顿和筹备后，他于至元二十四（1287）年，再次组织了一个新的反忽必烈联盟。联盟除海都、都哇之外，还有乃颜、失都儿、合丹等东部诸王，以东西夹击之势，向忽必烈发起进攻。
忽必烈不顾年事已高，亲征东北，平定了乃颜等东道诸王的叛乱。与此同时，他于至元二十六（1289）年7月讨伐海都，"海都以游牧人的行动远遁以避之"，有生力量几乎消耗殆尽。
元成宗孛儿只斤·铁穆耳（1265-1307）
忽必烈去世后，皇孙铁穆尔即位。他"立北庭都元帅府，以平章政事合伯为都元帅，江浙行省右承撒里蛮为副元帅，皆佩虎符，立曲先塔林都元帅府，以衅都察为都元帅，佩虎符"，天山南北的大部分地区，被重新划入到了元朝的版图。
