靠甲肝疫苗起家的尹卫东，自然对疫苗研发尤其是流行性疾病的疫苗研发格外重视。北京科兴刚刚成立两年，就立刻奔赴防疫一线。
2003 年的春天，北京的大街冷冷清清，路人寥寥，往日的车水马龙和市井之声，被偶尔听到的 120 救护车尖利的呼啸声所替代。SARS（非典）刚开始流行，尹卫东就把所有研发人员聚集起来开会：" 现在形势非常严峻，我们一定要表明态度，研发出能有效防止 SARS 传染的疫苗。"
2003 年 4 月 24 日，尹卫东主动请缨进行疫苗研制。5 月 9 日，北京科兴的研制项目被列入国家 "863" 重大计划项目。
此后，尹卫东亲任研发负责人，整合国家科研力量，率先开展对 SARS 灭活疫苗的研发。
为了能够尽快将疫苗研制成功，尹卫东硬是承受着前一年亏损的财务压力，暂停了相对成熟的甲乙肝联合疫苗的生产以及其它研究。
温家宝总理曾在视察时评价他们：" 总是战斗在防疫第一线 "。
" 战役 " 就这样打响了，尹卫东带领实验人员在负 40 帕的气压下，" 全副武装 " 地一干就是十几甚至二十个小时，困倦袭来时，大伙儿甚至连靠都不敢往墙上靠一靠，因为那一靠，也许马上就会鼾声四起……每次从实验室出来，几乎所有的人都渴得能一口气喝完一整瓶矿泉水，然后瘫坐在沙发上大口大口地喘粗气……
在经历了六个月的高强度工作后，尹卫东团队完成了 SARS 灭活疫苗临床前研究。
次年 12 月，北京科兴完成 SARS 灭活疫苗 I 期临床试验，北京科兴的研发首战告捷。
▲全球第一支 SARS 病毒灭活疫苗 I 期临床研究结果揭盲
来源：科兴官网
" 要知道，全世界只有我们完成了 SARS 疫苗的研究。"回忆起当初的情景，尹卫东仍旧充满了自豪。
然而，生物制药产品开发是一项高度投机的事业，涉及风险程度很大，当公司研发出一个产品获得回报之前，大流行病爆发的威胁可能会消退，简直如同一场豪赌。
随着中国最后一位非典病人的出院，北京科兴中止了 SARS 灭活疫苗 II 期和 III 期的试验，正如尹卫东所说，SARS 灭活疫苗毫无用武之地，几千万的投资也随之打水漂，如果再算上停产导致的亏损，恐怕将会是更为庞大的数字。
很难说北京科兴究竟是幸运还是不幸，虽然在科研上取得胜利，但却在商业上惨遭失败。
不过，据北京科兴内部言论表明，SARS 灭活疫苗的研究成功为中国应对新型传染病的暴发提供了疫苗应急研发的成功模式与经验。
