绝对的朝廷集权，甚至每次战争的攻守战术都由皇帝决定，大将仅仅是一个执行皇帝指示的执行者，不能根据当时情况灵活用兵，主动出战或退却，这势必造成坐失战机，在两次金川之战中皆存在这一严重问题。
第一次对金川之战，乾隆命张广泗总揽一切军务。但不久又调亲信讷亲为经略，他不谙军事，至军后便瞎指挥，令军士猛攻敌营噶尔崖，结果战斗失利。而张广泗虽有军事才能，无法施展，敢遇事多推诿，以此报复讷亲，讷亲亦无可奈何。这样，"将相不和，士皆解体"(《圣武记》卷七《乾隆初定金川土司记》)，故清军攻伐数日而未得寸进。第三，天时地利造成清军的困难
金川地势险峻，碉堡林立，易守难攻，真可谓一夫当关，万夫莫敌。"所以，"每打一碉一寨，大者官兵带伤不下数百名，少者不下数十名。"(《东华续录》卷九，乾隆十三年)而且地险路远，清军运输补给、军粮，以及进军困难都很大。再加之"天时之多雨多雪"，清军不易适应，使军事行动迟缓以至难奏速效。
