一是出于对瓦岗军的顾虑。李世民原本属于关陇集团一派，虽然表面包容瓦岗军一派，但他始终不放心这股势力的存在，李世民担心瓦岗一派如果联手会威胁他的政治抱负，所以深思熟虑后决定杀掉瓦岗军的其一统治者，以绝后患。
二是单雄信的人品不足为信。单雄信虽然身为瓦岗军的领导者，但多次易主、毫无原则，这种不忠之人，李世民不敢将其纳为己用，万一日后反攻倒算，那不是引火自焚。
李世民的所作所为曾引发争议，然而在五年之后，李世民发动玄武门之变见证了他的明智之举，瓦岗军果真没有支持李世民，若当时没有除掉单雄信，李世民的政变必定会受到单雄信的阻碍。
