蓝玉觉察，示意他们退下，这些义子这才告退。只知军令，不知圣旨？此时的朱元璋已经起了杀心。但是他还是没有下手，因为蓝玉是太子朱标的忠狗。蓝玉对朱标极度维护且忠心，他甚至曾谏言朱标早日杀了朱棣，因为他觉得朱棣有谋反之心。朱元璋手握锦衣卫，无所不知。蓝玉能谏言让朱标兄弟相残，绝对是朱标的心腹之人，因此朱元璋对蓝玉十分放纵。
但是随着1392年朱标病逝，一切都变了味。之前替朱标定好的一班大明最精锐的武将系统，在朱标死后已如鸡肋一般。本来这些人与朱标或多或少有些亲戚关系，与朱标是同一利益集团，是朱标坐稳江山的凭仗与依靠。但是朱元璋决定让朱允炆继位，朱允炆可不是蓝玉的外甥女（常遇春之女）所生，他的母亲吕氏与蓝玉没半点关系，如果朱允炆上位，蓝玉肯定不会支持。
朱允炆性格柔弱，一没外戚，二没能力。朱元璋再想到蓝玉的种种嚣张跋扈，以及蓝玉那数百名安插在军中，掌握军权，只知军令不知圣旨的义子，老朱哪还坐得住？下了必杀蓝玉的决心！一场大清洗开始了，《明史》记载："（洪武）二十六年二月，锦衣卫指挥蒋瓛告玉谋反，下吏鞫讯。"史称"蓝玉案"。
