不仅仅是这些民间的起义，就连吴三桂发动的"三藩之乱"在最开始的时候，打出的都是"朱三太子"的旗号。康熙十二年（1673年），吴三桂在云南起兵，并发布了《讨满清檄文》，喊出了"兴明讨掳"口号，而他拥护支持的人，便是"朱三太子"。
除此之外，那就是前文中所提到的，朱慈焕在无意之间暴露了自己的真实身份后，进而使得有人打着他的名号在江浙地区开始了"反清复明"的起义。
为了平定这些"反清复明"起义，康熙皇帝可以说是耗费了大量的人力、物力、财力，但是依然不能根除起义的爆发，因而他对此也是头疼不已。
康熙明知道朱慈焕是真的，并不是冒充的，但是康熙皇帝仍以"冒用"的名义将其处死，目的也是为了维护统治的合法性。
