曹操爬着郗虑递过来的这根杆子就往上爬，又搜罗了"招合徒众""欲图不轨""谤讪朝廷""不遵超仪"等等一箩筐能把人置之于死地的罪名，全部扣在了孔融头上。
在208年9月26日这一天，将时年五十六岁的孔融处死，并株连全家。
孔融被杀后，留下一双儿女，女儿七岁，男孩九岁，因年幼得以保全，寄养别人家中。
有好事者就问这一对幼儿，"你们父亲被杀了，心里很难过吧？"孔融七岁的小女儿说了一句话，"覆巢之下安有完卵？"意思就是，哪里有巢毁坏了卵不破的呢？
养活他们的人端过来肉汤让他们喝，九岁的男孩端起来就喝，七岁的小女孩说，"今天这样的祸，难道能够久活，还要知道肉味吗？"小男孩听完号啕大哭。
