这个向皇帝提出"招安"的人便是杨嗣昌，他害怕孙将军一而再再而三建立军工，光芒盖住自己，于是谗言圣上，打破了孙传庭的计划。在孙传庭回京的路上，更是煽风点火，使得孙传庭被调离至其他地方，消息传到孙将军耳朵里，原本就身心疲惫的他听到这个消息后，十分生气，最终病倒了，不得不向朝廷告假。但杨嗣昌仍不放过，言孙传庭称病乃推托之举，崇祯帝大怒，将孙传庭贬为平民。之后，崇祯想这个时候身体不行，也就别上战场了，于是顺水推舟就让他下狱了。
孙传庭进监狱后，农民起义又风云再起，崇祯十三年（1640年），李自成移军河南，时河南大饥，史载：饥民"惟恐自成不至"，"从自成者数万"。在孙传庭下狱的三年期间，熊文灿、杨嗣昌在镇压起义军的战争中连遭败绩，闯王李自成在河南打开了局面，拥兵数十万。这时皇帝又想起了还有一口气的孙传庭，于是皇帝想让他能够再次为明朝出征，但，此时的孙传庭已经被打的遍体鳞伤，而且也心灰意冷，但是他还是答应了皇帝的请求，不久后，孙传庭改赴陕西。
由于时疫流行，粮草不足，兵员弹药缺少，朝廷催战，孙传庭此时身体已经不支，无奈草率出战，后兵败在陕西潼关战死，马革裹尸，年约51岁。丢失了一个文武双全的人才的明朝，仿佛丧失了车轮的马车，没有办法继续前行。在孙传庭死后，明朝也逐渐走向灭亡，北京城最终被攻破。
乾隆四十一年（1776年），清廷追谥"忠靖"。
