在整个太平天国前期，洪秀全、杨秀清二人的权力矛盾一直存在，并且随着时间的推移愈演愈烈，只是洪秀全一直处于下风。那么，身为一国之君的洪秀全为何镇不住杨秀清呢？
关于这一点，其实可以从太平天国对于神权、君权、相权、兵权这四大权力的分配来看。太平天国对于这四权并未能妥善分配，四者纠缠不清，分拆不开，这就为杨秀清的夺权提供了可能。
在四大权力中，最早出现交叉的是神权。洪秀全作为"拜上帝会"的创始人，同时又对外宣称自己是天父的第二个儿子，受天父之托来拯救黎民百姓。因此，毫无疑问，洪秀全掌握了完整的神权。但是，1848年，冯云山被捕入狱，洪秀全闻讯赴广州设法营救，拜上帝会一时失去了主持人，会众发生混乱。在这紧要关头，杨秀清、萧朝贵代天父天兄传言，虽在一定程度上安定了人心，却也使得神权出现了交叉。
出现交叉的还有兵权。起义之初，洪秀全一直是自掌兵权。1851年洪秀全发布《行营铺排诏》，规定了前、后、左、右、中军主将的职权。而《天命诏旨书》收录此诏时却加上附注："此是前时行营铺排如是，今宜听东王将令。"从这点不难看出，洪秀全其实已经把兵权正式授予杨秀清了。杨秀清手握重兵，但却欲壑难填。他公然在军队中发布将令，规定在军营之中只听将军令，不听天子令。从此以后直到天京内讧，杨秀清都是独掌兵权，发号施令。这就造成了兵权侵犯君权，兵权和君权有所交叉的现象。
