在长孙拓跋宏出世的时候，冯太后渐渐不再干预朝政，全部交于献文帝拓跋弘一人处理，此可谓是明智之选。但是，随后拓跋弘将冯太后的得意之人全部赶尽杀绝，引起了冯太后的强烈不满。在冯太后的软硬兼施之下，献文帝拓跋弘不得已宣布退位，将皇位传给年仅五岁的孝文帝拓跋宏，自己在年仅十八岁的时候被迫做了太上皇。
献文帝拓跋弘虽然成为了太上皇，但他手中的权力还在，依然打理着朝中大事，甚至还亲征作战。大胜后，献文帝的盛名越来越大，冯太后心中担忧，便发动政变，全宫禁严，派兵将献文帝偷偷的软禁。不久后，献文帝便莫名死在了平城永安殿。世人相传，是冯太后所杀。
在献文帝死后，孝文帝拓跋宏即位，而冯太后被尊为太皇太后，因孝文帝年龄尙小，冯太后便继续垂帘听政，管理国家大事。因贪污之风再次兴起，冯太后使用强硬的手段进行改革，对于贪污犯罪之徒，宁可错杀绝放过。冯太后也趁机培养了自己人，形成了一个"中官用事"是局面。但是这种局面，也巩固了北魏的政局。
冯太后虽然掌控着朝政，但是在处理政事的时候，她也让孝文帝参与，让他学会勤俭节约，并细心的教导他如何处理政事。虽然冯太后也曾因担忧过孝文帝会伤害自己而想罢免他，但是最后却被孝文帝的孝心打动，祖孙两人一起合力共同治理北魏。直至太和十四年（409年）九月，四十九的冯太后在平城的太和殿去世，她辉煌的一生就此结束。
