可能是老天也想让大明朝早日结束，于是在万历的四十六年，广东也都下起了大雪，这一切也都源于小冰河期的开始。等到崇祯十一年的时候运粮的漕河全都结上了冰，随之而来的就是不断的旱灾、粮食的减产、蝗灾和鼠疫的轮番轰炸。最后饥饿的人群没有放过路边的草根和树皮，甚至连街边的老鼠也并不能幸免。于是第一个鼠疫患者就出现了，开始一传十十传百。
就拿当时的山东青州、济南、德州和泰安来说，鼠疫的患者只能以万来计数。安徽的鼠疫非常严重，有的地方的死亡人口甚至一度达到90%，不可谓不骇人听闻。
这场鼠疫先是在西北的山西爆发，据史料记载患病者的症状有相似之处，先是脖子处的淋巴发炎肿大，接着就是头昏发高烧，上吐下泻。只要是家中有一个人患病，在当时就是全家人都得病。村落中无一不是谈鼠色变，每一个人都害怕把别人家的病毒带到自己家中，所以造成了荒无人烟的景象。
接着到了崇祯的十三年，鼠疫传播到了河北的大名府、河间府，由于当时并没有十分见效的治疗手段，导致患病者十有八九都会死亡。等到了崇祯的十四年的时候，鼠疫来到了北京，由于淋巴发炎的症状被京城的人称之为疙瘩病，尤其是夏天和秋天的时候的病的人数更多。
