不仅如此，卓敬还回应，如今先帝皇位被篡夺，他恨不得立即死去，好去地下继续服侍先皇。在这种情况下，朱棣还是不忍杀卓敬。深受朱棣重用的姚广孝，由于和卓敬有隔阂，于是他进言："敬言诚见用，上宁有今日。"
就是说如果当初，卓敬的建议被建文帝所采纳，如今朱棣就当不了皇帝了。朱棣一听，这句话正好说到他心坎上了，这下他再也无法容忍卓敬，最终下令将其处死，灭三族。
宣德年间，翰林院编修刘球为卓敬作传，私谥（古代士大夫死后由亲属、朋友或门人给予的谥号）为"忠贞"。万历年间，御史屠叔方建议为卓敬修墓建祠，得到朝廷采纳。
（参考文献《明史》《明实录》）
