所以说，等到朱棣坐上皇位之后，一定是会继续重用卓敬的。然而在此之前，明朝还经历了建文一朝，也就是在这一朝，卓敬的命运发生了变化。
建文帝即位后，对卓敬也很尊敬，毕竟他深受朱元璋器重。当得知建文帝有意削藩后，卓敬立马就献上了自己的削藩之策。他向建文帝上书："燕王智虑绝伦，雄才大略，酷类高帝。北平形胜地，士马精强，金、元年由兴。今宜徙封南昌，万一有变，亦易控制。"
就是说，卓敬认为应该将朱棣迁至南昌，万一有变故，也容易控制。第二天，卓敬见到建文帝时，又提及此事，希望建文帝能够加以重视。可建文帝表面答应考虑，却就这样没有了下文。
其实按照当时的局势，卓敬的建议有他的合理之处，毕竟建文帝想要削藩，最终的目标就是燕王朱棣。将他迁到南昌去，总比任由其在北平壮大要好。好比朱棣登基后，就将宁王改封到南昌一样。
