从官阶上来说，只有从二品的巡抚（加衔后为正二品）虽然要比正二品的总督（加衔后为从一品）低一个级别，但是，巡抚和总督却没有直接的从属关系。
而且，巡抚与总督一样，也拥有单独奏事权，遇事可直接上奏皇帝。从这层意义上说，巡抚与总督本质其实平级关系。
更主要是，总督更多是偏军务，而巡抚更多是偏政务，在这种背景下，地方上的政务和财政，实际上更多是由巡抚做出。在这种背景下，总督虽然是地方最高军政长官，但他的政权和财权，实际上是被巡抚给分割走一大部分。
其次，清朝总督虽然是一省或者数省最高级别的军政长官，问题是，清朝政府又在每个省内设有一个专门的最高军事官员，也就是提督，他主要负责地方绿营军队的管理。
