对于老友的归顺，曹操欣喜异常，即刻任命娄圭为将军，命他参与谋划军国大事，但不亲自领兵作战。由于为人低调内敛的缘故，娄圭的名气虽然远不及荀彧、郭嘉、程昱等人，但出谋划策、运筹帷幄的能力，跟以上三人不相上下。尤其是在建安五年（200年）平定冀州的系列战事中，娄圭在曹操身边出谋划策，其重要性绝对不亚于郭嘉。
郭嘉是曹操手下最有能力的谋士之一
建安十三年（208年），荆州牧刘表薨逝，幼子刘琮继承职位，曹操认为有机可乘，遂亲率大军南征。在出兵之前，曹操已做好打一场恶战的准备，然而他刚刚进入荆州境内，刘琮便派人上递交降表。对此，诸将都有怀疑之心，纷纷劝说曹操不可中了对手的诈降之计，唯有娄圭拍着胸脯保证，刘琮此举乃是出于畏惧的本性，绝无欺诈之理。曹操觉得很有道理，遂接受刘琮的归降，使荆州避免战火。
3年后，马超、韩遂在凉州举兵造反，兵锋直逼长安，曹操闻讯后率娄圭等人平叛。时值寒冬时节，曹军虽然顺利地抢占渭河南岸，但是一到南岸便遭遇马超骑兵的轮番骚扰，加之岸边皆是沙地，根本没有办法扎营。有鉴于此，娄圭提议用沙土筑城，然后灌水使之结冰，以此来快速扎稳营寨，抵御马超的进攻。
