另外，明成祖虽然迁都北京，但还是把一部分中央职能留在了南京。比如明朝全国的黄册（核实户口的版籍档案）在迁都北京之后依然保存在南京户部。再比如南京工部也负责北京皇宫的器物制造和江南地区的工程修建，职权范围都超过南直隶省。
在明朝的南京六部中，南京兵部的实际权力是最大的。南京兵部负责包括南直隶在内的整个江南地区的军事防务，名义上管辖的兵力多达二十几万。南京兵部还负责江南地区的马政、船政和驿站事务，明朝东南的军政大权大半在南京兵部。
综合来讲，明朝迁都北京之后，南京六部的地位权力确实大幅下降。但在南直隶省的范围之内，南京六部依然拥有地方权力，而有些衙门的权力范围更是覆盖了最富庶的东南地区。
