毛文龙也只是认为袁崇焕来与自己见面只是喝酒行乐和阅兵，并没有察觉到袁崇焕的真实意图。 在崇祯二年的六月五日这一天，以看将士们射箭为名邀请毛文龙，早前已设好埋伏。 加上毛文龙与袁崇焕是在山中帷帐中观看，毛文龙手下的士兵不能进来，袁崇焕借此问道毛文龙所做违令的事情，毛文龙都相应了做出了辩解。 袁崇焕知道毛文龙的做事方式，对毛文龙的辩解，并不认同他的辩解，呵斥毛文龙的同时并将他绑了起来，并以十二项罪名和整顿军纪为名，用剑砍下了毛文龙的头，杀完毛文龙后，袁崇焕命人将毛文龙装进棺材后埋葬。
综合以上毛文龙的事迹来说，可以说毛文龙被袁崇焕杀掉，也是属于情理之中，不可否认毛文龙之前在对抗后金的时候，对明朝是有贡献的，但是功和其他不能相提并论。 毛文龙过于的傲慢无礼，也是使自己走向死亡的原因，袁崇焕好歹是领导，加上毛文龙本来就有一定的过错，碰上袁崇焕五年复辽决心的当口和眼里容不得沙子。 毛文龙这样的人不进行处理的可能会对军纪方面有一定影响，自己复辽不利，复辽不利，就会失去皇上信任。所以在种种原因之下，毛文龙就被杀掉了。
