后来朱元璋称帝，立朱标为太子后，朱标更是每日被父亲带在身边，临朝称事、修改奏本更是常事，是朱元璋的得力副手。为了培育朱标，朱元璋倾其所有，而朱标也不负厚望，为人处事深得朱元璋真传。
而对待兄弟，朱标更是仁厚爱护，半点架子都没有。在《山河月明》的第一集中，就有朱标命太监将睡着的十二弟送到朱棣手中的片段，这也是在侧面表现他们的兄弟情深。
因而，虽然朱棣长大成人后能力不凡，但是对长兄朱标还是十分敬重，并没有取而代之的想法。虽然权力动人心，但是在朱棣看来，兄弟之情也是坚不可摧的。当一名军事家，做一名守边关、保家卫国的藩王，也许就是曾经朱棣的愿望。
但是，这一切都在朱标的早逝后画下了停顿号。倾尽一切培养的太子朱标，在巡视陕西后病逝，此时的朱元璋已经是满头白发。白发人送黑发人，到手的继承人就这么倒下了，他深受打击。
长子朱标病逝，那么顺位继承人就轮到了次子，但是次子、三子也接连病逝，朱元璋晚年的疑心病愈重。在选定朱标之子朱允炆为皇太孙之后，朱元璋为了皇太孙的顺利即位，开始了对朝堂的整顿。
为什么会这样呢？朱元璋对儿子的教育，是上通历史，下达田间，文治武功一样不能缺少的精英式教育。但是皇太孙朱允炆，接受的却是完完整整的儒家教育，朝中文武对立，如果想要朱允炆顺利继位，武将集团是一块巨大的拦脚石。
清除武将集团，让皇太孙顺利即位，这时候的朱棣虽然不满，但是却仍然觉得，守护边疆更重要。真正使朱棣爆发的，是朱允炆继位后的削藩行为。
朱棣的妻子，是大明开国将领徐达之女，曾经的太子朱标，妻子是开国将领常遇春之女，因而，严格算来，兄弟二人都是武将集团的领头人物。婚姻政治下，朱元璋原本对武将并没有早早除去的打算。
但是朱标病逝，朱棣被猜忌又不能称帝，武将集团是拦路虎，朱元璋匆忙之下的制衡之术，使武将集团怨声载道。据传，朱棣手下军师曾进言，朱元璋已老迈，希望朱棣早早入京。
但是，朱棣认为，自己固守边疆又有军权在手，父亲对自己不会如此刻薄，面对武将集团的土崩瓦解，朱棣虽有危机感，暗下屯兵，却也不相信铡刀会落到自己身上。因此，当朱允炆继位，在文官的操纵下开始实行削藩后，朱棣终于坐不住了。
实际上，朱棣继位后也延续了削藩政策，从国家治理方面来说，削藩是历史发展的必然，也是君主中央集权的必然，因而从理智上来说，君王朱棣是赞成削藩的。但是，此时作为藩王的朱棣，却是不能接受削藩政策的。
看着兄弟们一个个倒下，下一个即将轮到自己，建文帝的使臣已经将燕王府包围地水泄不通，朱棣装疯卖傻不惜自残，躲过了生命危机。本意要杀掉朱棣的建文帝朱允炆，因仁慈放过了这个四叔。可是，逃过生命危机之后，朱棣迅速集结兵力，以"靖难"的名义，攻向南京。
而此时的朝中，老一代武将集团瓦解，新一代将领尚未培养成功，面对军事能力卓越又屡立战功的朱棣，并没有还手之力。建文帝委以重任的李景隆更是连连失利，并不被朱棣看在眼中。
而在其他朝中大臣和世家大族看来，这场战争，更是一场"内斗"，不管是朱允炆还是朱棣上位，终归都是老朱家的人在抢位置。明太祖时对百官监察严苛，除了齐泰、黄子澄之流儒士对建文帝拥护，其他人并未有十分的忠心。
所以，在这一场靖难之役中，建文帝在朝中并未有多少助力。相反，朱棣在军中积威甚重，又有谋士规划，自然十分顺利。因此，朱棣攻入南京的速度很快，也很干脆利索。
野史称，建文帝朱允炆在大火中潜逃出城，后流落南洋。朱棣于城外三拒群臣，终登帝位。又有传闻，永乐年间的郑和下西洋，其中重要任务就是找到朱允炆旧部。
朱棣称帝后，改号永乐，开启了永乐盛世。初继位，废除许多建文帝新规，沿袭太祖旧制，封赏"靖难"功臣，同时恢复藩王称号。但是，实际上还是在延续削藩政策，恢复藩王称号几年后，诸藩王仍然被朱棣以各种名义剥夺了藩王的权力。
为了继位名正言顺，撤建文帝追封朱标为孝康皇帝的庙号兴宗，复称懿文太子。在火后寻出一具焦尸发丧，称为建文帝遗体，追谥孝愍皇帝，庙号神宗。
而在处理内政的同时，朱棣也没有放弃他对外扩张的步伐。为了南北边疆的稳固，先后五次出军北征蒙古，封地鞑靼、瓦剌，设贵州承宣布政使司，稳固南北边防。
但是靖难之役虽持续时间短，毕竟劳民伤财，军队所过之处满目疮痍，大明经过太祖时期刚刚恢复生机的民生，再次被重创，急需休养生息。而建文帝仁爱宽厚，制定许多减免税收的政策，对民生极有好处。
