玄武门之变是李世民策划的一场夺取皇位的政变，他让兵马埋伏在玄武门附近，等到大哥李建成和四弟李元吉前来上朝的时候，发动政变杀死了自己的俩兄弟。这一场血腥的政治事件，其实积怨已久。因为李唐王朝算是李家兄弟一起打出来的，而其中尤其以秦王李世民的战功最为卓著。这也导致天下被平定以后，李渊根本无法一碗水端平，也无法处理好两个儿子之间的矛盾。秦王府成为了和太子的东宫一样并驾齐驱的另一个山头。在事变发生前，大多数的官员基本上都是三个派别：要么支持太子李建成，要么支持秦王李世民，再不就是站在李渊这一边，保持观望态度等着看李世民和李建成决出胜负。而秦琼基本上就属于不参与哥俩的斗争，只忠于李唐王朝，不打算站队的那种。
比起不参与玄武门之变的秦琼，参加了玄武门事变的尉迟恭可谓是人生赢家。他不但亲自带兵帮助李世民击杀李建成，更是亲手砍下了李元吉的脑袋，随后带兵入宫，控制住了李渊。这样的身先士卒可比在战场上身先士卒叫李世民更加感动。尉迟恭的这一番操作，足以叫李世民认定他就是自己的心腹，而且足够忠诚可靠。秦琼就没这个待遇了，只能说秦琼忠于李唐是社稷之臣，而尉迟恭忠于李世民是心腹家臣。所以没有参与玄武门事变的秦琼，在被李世民主导绘制的凌烟阁二十四功臣当中就只能屈居最后一名了，不过换做是我也不会选择去参与，比较这种事情有品格洁癖之人哪儿能蹚浑水呢？要我说，晚年的李世民还能想起这么一位秦叔宝，还算是够意思了。怕是一个不小心，这凌烟阁里面可就没有秦琼了。
