当惯了土皇帝的吴三桂自然不服，同年七月他以"反清复明"为口号起兵叛乱，率军势如破竹，迅速占领贵州全境，并向北进发，占领了湖南多地，与此同时，广西、四川等许多地方大员纷纷反清。接着，福建的靖南王耿精忠亦反。在短短数月之内，云南、贵州、湖南、广西、福建、四川六省丢失，一时间清帝国危在旦夕。
要知道吴三桂的大半辈子都是在征战沙场中度过的，是个打仗的老手，而且他拥兵四十万，而满清八旗已近入关已久，骄奢淫逸，失去了多尔衮时期可怕的战斗力，八旗兵勇总计不过十多万人，吴三桂在各方面都占尽了优势。
然而，吴三桂的对手却是历史上难得一遇的优秀皇帝康熙，值此危急时刻，康熙指挥若定，他重用汉将、汉兵作战，一面调兵遣将抵抗叛军，一面招抚叛军羽翼以分化敌方势力，随着战况进行，逐渐起到了效果。战争初期，清军一再失利，此时吴三桂如果趁着形势一鼓作气打过去，那么北伐成功，将清朝赶回东北，恢复汉家江山也不是不可能发生的事情。
