经过一番激烈的争执后，蒙哥汗最终同意了忽必烈的请求。
可是，从接受命令的1252年开始到1256年，忽必烈虽然手里掌握着军事大权，但却一直没有对南宋展开过什么大规模的军事行动。而这，不仅让蒙哥汗十分不满，还让兄弟二人由此产生了隔阂。为了搞清楚忽必烈在南宋的行动和目的，蒙哥汗派人到陕西和河南等地"勾考（意思就是进行检查和考核）"忽必烈。如此一来，原本就已经产生嫌隙的两人矛盾更是被大大的激化了。
在过去，学术界的研究报告普遍认为，蒙哥汗和忽必烈之间之所以产生矛盾，是因为忽必烈在暗地里私自经营和管理着中原的大片土地，并不断壮大自己的势力。而这，不仅让蒙哥汗对忽必烈心生妒忌，还产生了信任危机。一位著名的史学家认为，这份报告虽然有一定的合理性，但是，它却没有看到，忽必烈在军事上长期回避正面攻打南宋，才是两人问题所在。
后来，两人之间的矛盾不断加深，隔阂也变得越来越大。最后，蒙哥汗决定自己亲自攻打南宋，并且，在其亲征的随从已经攻宋将军的名单上，忽必烈的名字被排除在外。对于这件事，一些历史典籍则解释说，是因为忽必烈突然患上了脚疾不方便走动，所以，便留在了一个叫合剌温只敦的地方。
