沛县县令看别处造反的风起云涌，也想夺个先机起来响应，在萧何、曹参的游说下，答应让刘邦回来领头造反。等吕雉让樊哙把刘邦找回来后，县令又后悔了，还要把萧何、曹参捉起来问罪。萧何、曹参得知消息后，连夜从城墙上下来，跑到刘邦那里，做了刘邦的手下。等到刘邦做了沛公，萧何积极替刘邦出谋划策，又和曹参、樊哙等人分头行动，招兵买马，替刘邦集聚了几千人的队伍。
萧何作为丞相，坐镇汉中，源源不断地把粮食、兵员送到刘邦征伐一线，刘邦在好多次战役中全军溃败、逃跑、绝望，每次都是萧何在后方及时的填补兵员，使得刘邦再次披挂上阵，保证了整个战场的胜利。萧何不仅对刘邦在前线全力支持，在汉中，他大力组织生产，想方设法为民办事，得到了汉中地区广大人民的爱戴和拥护。
萧何作为刘邦的好友、属下，忠心耿耿，对刘邦所交代的事一丝不苟，从没有出过任何差错，还是得到了生性多疑的刘邦的疑虑。由于萧何名望很高，刘邦在外征战时怕萧何也学别人借机造反，因此每次有使者护送军需送往前线时，刘邦每次都问萧何平时的情况，使者几乎都是同样的回答："丞相爱民如子，除办军需外，都做安抚、体恤百姓的事。"刘邦每次听了都沉默不语。消息传到萧何那里，在门客的提醒下，知道刘邦心怀嫉妒，怕自己取代他在民众中的地位，就采取了自毁名节的事情，如低价强买民众土地等违法乱纪的事。等刘邦战罢归来、雪片似的告状信递到他手里状告相国时，刘邦却显得很高兴。
