永历帝等人在缅甸被解除武装，起初当地人还能以礼相待，随着吴三桂频频要挟，最后缅王答应将永历帝交给清军；永历十六年，缅王下令包围永历帝住所，先骗其随从出来喝符水，再趁机逐一杀害，永历帝随即被抓，并押往清军大营。
吴三桂随后抵达阿瓦城旧晚坡，并催促缅方交出永历帝，以及随行大臣、侍从的首级，缅王先送出37颗人头，并告知永历帝随后便至；吴三桂率部众出迎，此时两艘船渡江而来，其中一艘是永历帝及太妃、王妃、世子及郡主等人，另一艘则为遇害大臣的家眷，缅甸宰相则率200余名士兵沿途护送。
吴三桂将永历帝送到某公所，麾下将领纷纷前来拜见他，揖拜或叩首后纷纷离去；过了一会儿，吴三桂亦前来拜见，表现却十分傲慢，只有长揖而已；永历帝遂问："你是谁啊？"，吴三桂噤声不敢应对，永历帝再问："你谁呀？"，吴三桂感受到皇帝威严，傲气顿时消弭无形，遂伏地不敢任意起身。
永历帝又问了好几遍，吴三桂才敢自报家门，永历帝进一步质疑："你不是汉人吗？你难道不是大明臣子吗？为何甘心做叛国负君的汉奸？你扪心自问良心何在？"，吴三桂无言以对，如同死人一般，永历帝随后提出返回北京，归葬帝陵的想法，还要求吴三桂亲自送行；吴三桂在侍从的帮助下，才站起身走出门口，当时他面如死灰，汗流浃背，从此再也不敢面见永历帝。
永历帝后均被关在昆明，原本应该送到北京接受处置，吴三桂担心路途遥远，节外生枝，遂请求清廷让他原地处置，康熙同意其请求；永历十六年六月，吴三桂命人将永历帝及其亲眷押往篦子坡，全部绞杀，后世将此地称为"迫死坡"，永历帝死时年仅四十岁，葬在贵州都匀高塘山中，他的墓冢被称为"永历陵"。
