大明崇祯皇帝在煤山自缢殉国，不久后李自成攻破京城，并找出太子朱慈烺，他认为自己无罪，遂自封为"宋王"；后来李自成兵败，朱慈烺及其2名皇子相继失踪，士大夫逃出后找不到皇子，遂在南京拥立万历帝之孙朱由崧为皇帝，改元弘光，史称弘光帝，占据南方部分地区，对抗农民军及清军。
弘光元年，弘光帝在位八个月的时候，清军攻破南京城，弘光帝逃往芜湖，不久后就被抓，隔年遇害；福建富商郑芝龙拥立唐王朱聿键称帝，是为隆武帝，隆武二年郑芝龙降清，隆武帝绝食而死，东南一带被清军占领。
明朝士人不甘受辱，又在广州拥立隆武帝弟弟朱聿粤称帝，史称绍武帝，部分明朝遗老则拥立明神宗之孙朱由榔在肇庆称帝，即为永历帝；当时双方互不承认，还曾为此同室操戈，清军趁机攻打绍武帝部众，此一短命政权仅维持40天，绍武帝被俘后自缢而死。
此时清军占据广东全境，永历帝逃亡广西，大顺军残部联合南明政权，很快就收复湖南，并占据西南七省及东南诸岛屿，大有重振明朝之势；但永历帝只是个傀儡，诸多反清复明势力仅是以他为旗号而已，内部各种势力纷争不断，最后孙可望投降清军，吴三桂率清军攻进云南，永历帝率残部逃亡缅甸。
