没想到就在这个时候,李渊恰好指示独孤怀恩带领部队进攻叛乱的吕崇茂,然而却被刘武周大将宋金刚偷袭,当上了俘虏。与他同为俘虏,但有忠于李渊向唐俭和刘世让,这样一来他们两人便知道了独孤怀恩意图谋反的事情。
后来,他们几个人得已逃脱出来以后,刘世让便将仆固怀恩意图谋反的消息一五一十地告知了李渊。李渊不禁闻之色变,立马下令召见独孤怀恩。当时独孤怀恩还不知道阴谋已经被泄露,便毫无防备地前去。在来的半路上当即就被扣押了。在经过了一番审讯之后,骨子软的独孤怀恩将所有事情都如盘脱出,很快便被押到长安东市上处斩。